Wie gesagt, auf die Garnelen bezogen weiß man es nicht wirklich (meines Wissens). ich versuche es mal. Ich weiß nun nicht, an welches Vorwissen ich anknüpfen kann, wenn was unklar ist, frag einfach.
In den meisten Fällen ist wohl davon auszugehen, dass es verschiedene Gene sind, die von einer Mutation betroffen sind und so zu einer anderen Farbe als Wildtyp (WT) führen. In aller Regel sind solche Mutationen rezessiv, d.h. wenn das Tier gemischterbig ist, wird sich - zumindest weitgehend - die Wildform äußerlich (phänotypisch) zeigen. Kreuzt man solche gemischterbigen untereinander (2.Mendelsche Regel

), wird im Schnitt eins von vier Nachkommen wieder die Ursprungsfarbe zeigen, da es reinerbig ist. Die anderen drei sind gemischterbig wie die Eltern oder reinerbig für die Wildform, was beides wildtypisch aussieht. Das wäre sozusagen eine Kreuzung von einer Farbvariante mit Wildtyp.
Kreuzt man zwei Farbvarianten (z.B. rot und yellow) würden (da es sich wohl um zwei verschiedene Gene handelt) die Nachkommen für beide Gene gemischterbig sein. Sie hätten also jeweils einmal das Farbgen (so nenn ich es jetzt mal) und dieses Gen nochmal in der Wildform. Somit würden sie wildtypisch aussehen (damit wären wir bei der F1). Kreuzt man diese nun weiter, wird für die meisten Gene gelten, dass oben beschriebenes 1:4-Verhältnis für beide Farben auftritt. Dies ist im Prinzip die dritte mendelsche Regel. Man würde also eine 9:3:3:1 Aufspaltung bekommen. Hier wären dann 9 Tiere wildtypisch, 3 die eine, 3 die andere Farbvariante und 1 wäre für beide reinerbig, wobei man nicht weiß, wie das dann aussieht.
Von der Genetik kommt erschwerend hinzu, dass oft nicht nur ein Gen für so eine Farbvariante betroffen ist und so diese Erklärungen deutlich komplizierter werden. Es kann auch gut sein, dass ein Tier, das reinerbig für die eine Farbe und gemischterbig für die andere nochmal anders aussieht. So sind viele verschiedene Erklärungsansätze möglich, die sich vermutlich auch unterscheiden, je nachdem, welche Farbvarianten nun betrachten werden. Dafür müsste man einfach mehr wissen.
So, ich hoffe, ich habe jetzt nicht zu viel Verwirrung gestiftet, bin gern bereit, nochmal was anders zu erklären. Ich möchte auch nochmal betonen, dass diese Erklärung auf allgemeinen genetischen Erkenntnissen beruht und ich nicht in der Lage bin, die Genetik der Neocaridina zu erklären.